裁判要旨：用人单位有证据证明应发工资中已经包含正常工作时间工资和加班费的，可以认定用人单位已经支付的工资中包含加班费。
案情简介：
范某原系天津市某公路科技发展有限公司员工，从事资质管理工作。
2014年2月1日，双方签订劳动合同，约定合同期限为2014年2月1日至2017年1月31日，劳动报酬的支付采取下发薪制度。
2017年4月27日，双方变更劳动合同内容，将合同的终止日期变更为2019年1月31日。
公司以打卡方式记录考勤，且实行单休制，范某存在周六出勤和延时出勤情况。
公司已按照加班费666.77元/月、通讯费26.43元/月的标准支付范某上述费用。
庭审中，双方均认可劳动关系起算时间为2014年2月1日，至2017年7月31日双方尚存在劳动关系。
范某曾提交请假申请单，在2016年9月3日、2016年9月24日、2016年7月16日申请休事假，在2017年7月15日休病假，前述日期均系周六。范某月平均个人所得税金额高于300元。
2017年7月31日，范某向天津滨海高新技术产业开发区劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付其2013年12月2日至2017年7月31日加班期间加班费共计加班费165142.25元，其中平日延时加班费13693.97元，休息日加班费151448.28元。
2017年10月12日，该委裁决公司支付范某自2014年2月1日至2017年6月30日的加班工资49034.49元。
双方均不服，向天津市南开区人民法院提起诉讼，该院将案件移送至天津市东丽区人民法院(下称“一审法院”)审理。
后双方又诉争至天津市第三中级人民法院（下称“二审法院”）。
二审中，法院另查明，公司于2013年8月23日召开职工代表会议，讨论《规章制度汇编》(包括员工行为管理制度、效益工资管理办法、员工考勤休假管理制度等相关制度）全文内容。同时载明，上述规章制度于2013年9月1日公布施行。
公司提交的《薪酬发放管理制度》中规定，月度工资主要包括基本工资、岗位工资、效益工资、加班费（周六）；基本工资是当年度天津市最低工资标准；绩效工资与员工每月度工作努力程度、工作结果、公司盈利情况相关，详见《效益工资管理办法》；加班费以当年度天津市最低工资为计算基数。负责工资核算人员将本月需发放的工资数额报给公司负责人，所有工资、福利、补贴均为现金发放，员工本人签字领取，如有异议的应在发薪之日起5个工作日内以书面形式提出，逾期未提出的视为没有异议。
公司提交的《效益工资管理办法》中规定，效益工资分配原则：补偿原则，如员工周六日加班的，效益工资首先支付员工公休日工作劳动报酬，支付标准按国家规定执行，加班手续按《员工考勤休假管理制度》执行。
另，根据公司提供的2014年6月至2017年7月的加班费汇总表（项目包括：六日加班、法休加班、工时奖），除2016年7月范某没有签字，2017年7月公司自认范某没有领取和签字外，范某已经签字领取了前述期间的加班费。
同时，法院组织双方按照年度最低工资标准对案涉期间的加班费进行了核算。公司在核对的基础上认可支付范某案涉期间加班费10000元。
裁判结果：
一审法院认为，关于休息日加班费，公司承认该公司实行单休制，其应当向范某支付2014年2月至2017年7月期间的周六加班费。法院以范某的工资8767.56元作为计算基数，用该期间的周六天数扣除与法定休假日重合及范某休假的天数，核算休息日加班费为129801.42元。
关于延时加班费，公司作为用人单位，对考勤负有举证义务，其提供的考勤证据未被一审法院采信，应承担举证不能的不利后果。范某提交的2016年6月考勤时间统计表中包括加班申请单延时小时和考勤机延时小时，依照一般惯例，考勤机打卡时间并不能体现实际工作时间，故依照该证据中记载的加班申请单延时小时，以月工资8767.56元为标准，核算2014年2月至2016年6月延时加班费为12244.77元。
以上公司已支付范某加班费28004.38元，公司还应支付范某加班费共计114041.81元。
二审法院认为，范某与公司系劳动合同关系，双方于2014年2月1日签订固定期限劳动合同，自2014年2月1日起至2017年1月31日止，后双方于2017年4月27日变更（续签）劳动合同期限至2019年1月31日。双方在劳动合同中约定，工资以现金方式发放，工资的支付项目包括基本工资、效益工资，或按天津市最低工资标准执行。合同同时约定，固定工时制度，每日工作不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十小时，且每周至少休息一天。同时约定合同所涉及的规章制度和公司全部规章制度已向乙方（范某）公示，乙方知悉规定的全部内容。同时约定，甲方（公司）的规章制度汇编作为该合同的附件。
关于加班期间问题，公司主张与范某建立劳动关系的时间为2014年2月1日，范某虽主张2013年12月入职，但未能提供有效证据证明其主张，且双方之间2014年2月1日签署的劳动合同的效力已经生效判决所确认，范某在一审中亦认可从2014年2月1日建立劳动关系，故本案关于加班费的审查期间自2014年2月1日至2017年7月31日。
关于加班费计算基数问题，用人单位与劳动者约定了加班费计算基数，且不低于最低工资标准的，从其约定；用人单位与劳动者约定了正常工作时间标准，且约定应发工资中包含加班费的，从其约定。用人单位与劳动者约定了正常工作时间工资标准，但未约定应发工资中是否包含加班费的，如用人单位有证据证明应发工资中已经包含正常工作时间工资和加班费的，可以认定用人单位已经支付的工资中包含加班费。本案根据公司提交的劳动合同、《效益工资管理办法》、《薪酬发放管理制度》等相关规定，特别是关于加班费汇总表的签收情况，已经能够形成证据锁链，证明公司关于加班费的发放和实际履行情况，可以认定公司主张的加班费按照最低工资为基数计算，并作为工资构成的一部分逐月发放。范某虽主张加班费的签字领取是为了凑每月9000元的工资数额，但未能就其主张提供充分证据予以证明，故法院对公司的主张予以认定，对范某的主张不予支持。
关于公休日加班费的核算问题，法院组织双方按照年度最低工资标准进行了核算，关于2014年2月至2014年5月，公司认可周六上班的同时未能提供该期间加班费的发放签收情况，范某亦否认收到，故法院对该期间范某主张的公休日加班费予以支持；公司认可2014年欠付范某公休日加班费155元；2016年7月加班费汇总表没有范某签字，范某否认收到；2017年7月公司认可范某没有领取加班费。综合上述情况，经庭审核对，按照年度最低工资标准，公司欠付范某公休日加班费4041元。关于延时加班情况，经庭审核对，双方认可案涉期间累计延时加班176.5小时，除去工时奖，公司认可欠付加班费1260.28元。以上数额合计5301.28元，公司应当补足加班费差额。