裁判要旨：用人单位与劳动者虽在劳动合同中约定了标准工时，但实际履行的是综合工时且超过一个月的，视为变更了劳动合同关于工作时间的规定，应按照综合工时工作制计算加班费工资。
案情简介：
钱某于2011年5月23日入职天津某食品科技有限公司处，双方签订了自2011年5月23日起至2013年5月22日止的书面劳动合同，岗位为操作，采用标准工时制，约定工资标准不低于天津市最低工资标准。合同到期后双方续订自2013年5月22日起至2015年5月22日止劳动合同。双方最后一次续签自2015年5月22日起无固定期限劳动合同。续签劳动合同中双方约定了加班费计算基数依据基本工资计算，其他条款未做变更。
2011年5月至2012年4月期间，钱某工作制度采用标准工时制度；2012年5月至2017年12月期间钱某工作制度采用综合工时制度；2015年7月29日、2016年8月5日、2017年8月4日获得综合工时工作制度行政许可审批。
2018年2月28日，公司一次性补发钱某加班费差额32，165元，代扣个人所得税后通过银行转账支付至钱某银行账户24，515.09元，钱某确认收取。
2018年3月15日钱某向天津港保税区劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，该委于2018年4月26日做出仲裁裁决书。钱某不服，遂起诉到天津市滨海新区人民法院，请求：1、要求公司支付2013年12月至2014年4月休息日加班费差额1，437.9元；2、要求公司支付2014年5月至2015年4月休息日加班费差额3，416.66元；3、要求公司支付2015年5月至2016年4月休息日加班费差额3，086.49元；4、要求公司支付2016年5月至2016年12月休息日加班费差额1，405.85元；5、要求公司支付2017年5月至2018年3月休息日加班费差额2，811.28元。
裁判结果：
法院认为，劳动者与用人单位的合法权益均受法律保护。钱某主张公司支付2013年12月至2014年4月休息日加班费差额1，437.9元、支付2014年5月至2015年4月休息日加班费差额3，416.66元、支付2015年5月至2016年4月休息日加班费差额3，086.49元、支付2016年5月至2016年12月休息日加班费差额1，405.85元、支付2017年5月至2018年3月休息日加班费差额2，811.28元。公司均不予认可。本案中双方确认钱某自2012年5月至2017年12月期间钱某工作制度采用综合工时制度，虽劳动合同中约定了标准工时，但实际履行的是综合工时且超过一个月的，视为变更了劳动合同关于工作时间的规定，按照综合工时工作制计算加班费工资。公司在取得实行综合工时制度行政许可前后，根据生产需要制定的工作、休息办法并在综合工时制度行政许可范围内且不违反国家强制性规定，应为有效。钱某确认公司已按综合工时的100%的基本工资支付了相应加班工资，根据《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（四）》规定：变更劳动合同未采用书面形式，但已经实际履行口头变更的劳动合同超过一个月，且变更后的劳动合同内容不违反法律、行政法规、国家政策及公序良俗，当事人以未采用书面形式为由主张劳动合同变更无效的，人民法院不予支持。钱某主张以合同约定的标准工时制度支付加班工资差额，缺乏法律依据，故本院对钱某上述诉讼请求不予支持。